Sejarah kerjasama Jepang dengan Indonesia telah dimulai sejak lama, bahkan sebelum terjalinnya hubungan diplomatik, pada tahun 1954, setelah keikutsertaan dalam Colombo Plan, Jepang untuk pertama kalinya menerima 15 orang peserta pelatihan dari Indonesia. Setelah itu, sejak Perjanjian Perdamaian dan Perjanjian Pampasan Perang ditandatangani dan diberlakukan pada tahun 1958, Jepang secara konsisten terus memberikan bantuan sesuai tahap perkembangan sosial-ekonomi Indonesia, dan bekerjasama hingga saat ini.
Bagi Indonesia Jepang merupakan negara pemberi bantuan terbesar yang menyumbangkan 45% dari nilai kumulatif bantuan pembangunan pemerintah (ODA) kepada Indonesia sejak tahun 1960. Disisi lain, hingga saat ini melalui ODA, Jepang telah memberikan bantuan kepada 190 negara dan wilayah dari negara-negara tersebut. Indonesia merupakan negara peneri,a bantuan terbesar (1960-2015 sebesar 11.3%). Hal ini memperlihatkan kekuatan hubungan antar kedua negara.
Sekitar 90% dari nilai kumulatif bantuan ODA Jepang (nilai yang disetujui) merupakan Bantuan Dana Pinjaman yang difokuskan dalam Pinjaman Yen untuk mendukung infrastruktur utama seperti pembangkit listrik, irigasi, pengendalian banjir, reklamasi tanah, kereta api, jalan, dan lan-lain. Infrastruktur tersebut penting untuk mendukung pertumbuhan ekonomi dan meningkatkan konektivitas antar wilayah dalam negara yang luas. Selain itu, seperti sat terjadi krisis moneter Asia (tahun 1997), ketika munculkan ketidakjelasan masa depan perekonomian Indonesia, Jepang memberikan bantuan cepat melalui pinjaman non-proyek (bukan proyek individual, tapi pembiayaan untuk memperbaiki neraca pembayaran Internasional di negara tersebut, pelaksanaan rencana pembangunan ekonomi dan rencana penyesuaian struktural).
Selain kerjasama keuangan, kerjasama teknik telah sangat efektif dalam pengembangan sumber daya manusia, pengelana sistem dan teknologi baru. Kerjasama semacam itu bisa dikatakan berkontribusi terhadap pengembangan hubungan bilateral berdasarkan hubungan kemanusian. Hingga tahun 2016 sebenyak 44.023 orang telah mengikuti pelatihan di Jepang dan Indonesia, 17.459 orang tenaga ahli dan 24.432 oramg tim survei telah dikirimkan ke Indonesia. Dampak dan hasil dari kerjasama pembangunan Jepang, dapat dirangkum sebagai berikut:
1. Memperkuat Persatuan Bangsa
Melalui konstribusi dalam membangun perbaikan infrastruktur dasar di seluruh negeri seperti transportasi, listrik, energi, dan komunikasi, Jepang turut serta dalam menghubungkan antar kepulauan di Indonesia. Disamping itu, Jepang juga berkonstribusi dalam penyebaran Bahasa Indonesia sebagai bahasa nasional melalui pembangunan dan pengembangan stasiun radio dan televesi nasional yang sangat diperlukan untuk menumbuhkan kesadaran masyarakat dan menambah jumlah penyebaran serta kualitas pendidikan sekolah tingkat menenangah melalui program wajib belajar yang baru ke pelesok negerim Jepang tidak hanya membangun fondasi bagi pembangunan ekonomi saat ini, namun juga berperan dalam meningkatkan persatuan bangsa.
2. Landasan Untuk Pembangunan Sosio-Ekonomi yang Stabil
Selama "Revolusi Hijau" sejak tahun 1960-an hingga tahun 1970-an, Jepang memberikan bantuan untuk perbaikan infrastruktur pertanian, dan alih teknologi, yang secara langsung memberikan konstribusi dalam peningkatan hasil panen padi yang cukup besar di tingkat nasional serta menghindarkan Indonesia terhadap kekhawatiran krisis pangan. Hal ini juga mendorong keberhasilan dalam kesenjangan pendapatan, migrasi tenaga kerja dari sektor tradisional ke modern. Selain itu, ketika Indonesia mengelami reformasi besar dengan runtuhhnya rezim Soeharto pada tahun 1998, Jepang memberikan bantuan terhadap pelaksanaan pemilu, reformasi kepolisian dan lain-lain, yang berkonstribusi terhadap pembentukan sistem demokrasi yang menjadi dasar bagi terciptanya pertumbuhan ekonomi yang masih terus berlanjut hingga saati ini.
3. Pengembangan Bisnis dan Sumber Daya Manusia Indonesia
Karena tidak terbinanya permodalan lokal di Indonesia, Jepang melaksanakan proyek--proyek berskala besar di berbagai sektor, dan berkonstribusi terhadap pertumbuhan perusahaan milik negara dan pembinaan sumber daya teknisi di perusahaan-perusahaan tersebut. Pada Pengembangan Daerah Aliran Sungai Brantas di Jawa Timur yang digabungkan dengan pembangunan terowongan dan bendungan untuk drainase, pembangkit listrik dan lain-lain, selama kurun waktu 40 tahun telah dilakukan pembinaan terhadap 7.000 orang sumber daya manusia. Pada saat bersamaan, melalui proyek studi jangka panjang di Jepang, secara aktif dilakukan juga program pembinaan sumber daya manusia bagi perguruan tinggi, pegawai pemerintah pusat dan daerah, yang setelah kembali ke Indonesia, mereka akan berkontribusi pada pembangunan ekonomi dan sosial Indonesia, serta memperkuat ikatan antar kedua negara.
4. Pengenalan Konsep Pembangunan Inovatif dan Lokalisasinya
Melalui Kerjasama Tekniks dengan Badan Perencanaan Pembangunan Nasional (BAPPENAS), kesadaran Pemerintah Indonesia terhadap pembangunan daerah semakin meningkat, sehingga dapat mempromosikan penyusunan rencana pembangunan daerah secara terpadu. Selain itu, untuk mendukung sektor pendidikan dasar, kesehatan dan perawatan medis, berbagai konsep inovatif seperti program bantuan operasional sekolah, lesson study, dan buku kesehatan ibu dan anak telah diperkenalkan melalui kerjasama Jepang dan telah ditetapkan sebagai kebijakan Pemerintahan Indonesia. Saat ini program-program tersebut telah dikembangkan secara mandiri, sehingga bukan hanya hanya sekedar meniru dari kerjasama Jepang.
5. Kemitraan Melalui Kerjasama Selatan-Selatan dan Tringular (KSST)
Para mitra lembaga yang terlibat dalam kerjasama teknis Jepang telah tumbuh dan berkembang khususnya yang bergerak di sektor pertanian, kesehatan. pendidikan dan sektor lainnya, dan juga telah memiliki pengalaman yang banyak dalam kegiatan KSST dalam membantu negara-negara Asia dan Afrika, dimasa mendatang ketika Indonesia menjadi negara pemberi bantuan, keberadaan lembaga tersebut sebagai pusat unggulan diharapkan akan semakin meningkat.