Setelah kemerdekaannya di bawah kepemimpinan Presiden Soekarno, Indonesia bekerja keras membangun gedung-gedung nasional ditengah berbagai kesulitan yang dihadapinya. Ketika perjanjian pampasan perang diberlakukan diantara kedua negara pada tahun 1958, dilaksanakan proyek-proyek seperti pembangunan multi-fungsi, pembangunan pabrik dan sebagainya dengan menggunakan dana pampasan perang tersebut. Dengan Presiden Soeharto, pembangunan infrastruktur ditekankan untuk mendukung tulang punggung perekonomian nasional, Indonesia terus mempertahankan pertumbuhan ekonomi yang stabil selama hampir 30 tahun. Pada kurun waktu tersebut, ada masa di mana Indonesia harus melepaskan diri dari ketergantungan sumber daya dan melakukan reformasui struktur ekonomi, dan pada saat itu pun, Jepang memberikan dukungan melalui pengadaan pinjaman komoditas.
Setelah krisis moneter Asia pada tahun 1997, terjadi gelombang demokratisasi dan desentralisasi. Meskipun kondisi politik dan ekonomi sempat mengalami kekacauan, namun dibawah kepemimpinan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono yang dipilih melalui pemilihan secara langsung untuk pertamakalinya, Indonesia kembali ke jalur pertumbuhan ekonomi yang stabil. Melalui dialog kebijakan, Jepang telah memberikan dukungan yang luas dalam pengembangan infrastruktur di wilayah metropolitan Jakarta, menuju pertumbuhan secara berkelanjutan yang dipimpin sektor swasta. Dari pertengahan tahun 2000-an, pendapatan perkapita pun semakin meningkat, dan pada tahun 2008 Indonesia menjadi anggota G20 yang merupakan satu-satunya negara dari ASEAN. Untuk kedepannya, diharapkan kedua negara dapat bergandengan tangan untuk mengatasi tantangan di kawasan Asia dan isu-isu masyarakat global, seperti langkah-langkah untuk perubahan iklim dan lain-lain. Berikut ini adalah time line kerjasama Indonesia Jepang dari masa awal kemerdekaan sampai dengan saat ini:
1. HINGGA 1960-AN(PERIODE KONSTRUKSI NASIONAL)
a. Peristiwa di Indonesia
1945: Proklamasi Kemerdekaan
1955: Penyelanggaraan Konferensi Asia Afrika di Bandung
1963: Pembentukan Badan Perencanaan Pembangunan Nasional (BAPPENAS)
1967: Pembentukan IGGI (Kelompok Antar Pemerintahan Pemberi Bantuan Bagi Indonesia
1968: Pelantikan Presiden Soeharto
1969: Dimulainya Pelaksanaan Rencana Pembagunan Lima Tahun (REPELITA)
b. Hubungan Jepang dan Indonesia
1954: Dimulainya penerimaan pelatihan Jepang
1957: Dimulainya pengeriman tenaga ahli Jepang
1958: Penandatanganan Perjanjian Perdamaian dan Persetujuan Pampasan
1960: Para pelajar belajar ke Jepang dengan dana pampasan
1963: Pembentukan Persatuan Alumni Dari Jepang (Persada)
1968: Dimulainya pemberian Pinjaman ODA dan Bantuan Hibah untuk Indonesia.
c. Capaian Kerjasama yang Representatif
1968~: Pinjaman komoditas
1968~: Bendungan Multifungsi Karangkates Kali Konto, Riam Kanan
1968~: Jaringan Microwave di Bagian Timur
1969~: Pembangunan Pembangkit Listrik Termal Tanjung Priuk
1969~: Bantuan Keluarga Berencana
d. Tren peristiwa internasional
-Perang Dingin
-Revolusi Hijau
-Konfrensi Asia Afrika 1955
-Pembentukan ASEAN 1967
2. 1970-AN DAN PARUH PERTAMA TAHUN 1980-AN(PERIODE PEMBANGUNAN EKONOMI)
a. Peristiwa di Indonesia
1971: Pelaksanaan Pemilihan Umum pertama setelah tahun 1955
1975: Krisis Pertamina
1976: Penyelanggaraan Konfrensi Tingkat Tinggi Pertama di ASEAN
1982: Keterlibatan militer dalam politik melalui "Undang-Undang Tentara Nasional yang Baru"
b. Hubungan Jepang dan Indonesia
1970: Berakhirnya periode hibah berdasarkan Perjanjian Pampasan
1974: Peristiwa Malari (kerusuhan anti Jepang)
1977: "Doktrin Fukuda"
1981: Perjanjian Kerjasama Sains dan Teknologi
c. Capaian Kerjasama yang representatif
1970~: Pengadaan Air Bersih di Jakarta
1972~: Pemeliharaan Situs Sejarah Taman Candi Borobudur
1973~: Perluasan Jaringan Penyiaraan Radio
1976~: Proyek Pembangkit Listrik Tenaga Air dan Alumunium Asahan
1977~: Pelabuhan Muara Baru Jakarta
1981~: Kerjasama Umberella untuk Pertanian dan Pembangunan Daerah Terpadu
1982~: Pembangunan irigasi Komering
1983~: Proyek Pembangunan Pelabuhan Dumai
d. Perisitiwa Internasional
1971: Normalisasi Hubungan Diplomatik Jepang-China
1973-1979: Krisis Minyak
1975: Berakhirnya Perang Vietnam
1979: Invasi Uni Soviet ke Afganistan
3. PARUH KEDUA TAHUN 1980-AN(PERIODE PENYESUAIAN STRUKTURAL)
a. Peristiwa di Indonesia
1986: Krisis Neraca Pembayaran Internasional
b. Hubungan Jepang dan Indonesia
1986: Pendirian Universitas Dharma Persada oleh alumni pelajar Indonesia yang belajar ke Jepang
1988: Dimulainya penugasan Tenaga Ahli Muda (JOCV, Japan Overseas Cooperation Volunteers) di Indonesia
c. Capaian kerjsama yang representatif
1986~: Proyek Pembangunan Bandar Udara Bali
1986~: Modernisasi Kereta Api di Wilayah Jabodetabek
1986~: Penguatan Balai Inseminasi Buatan
1988~: Pinjaman Program Sektoral
1989~: Pembangunan Dasar Pembuatan Vaksin Polio dan Campak di dalam negeri
d. Peristiwa Internasional
1995: Perjanjian Plaza
1986: Reverse Oil-Shock
1989: Insiden Lpangan Tiananmen China
1989: Pembentukan APEC
1989: Berakhirnya Perang Dingin
4. TAHUN 1990-AN (MASA PERTUMBUHAN SAMPAI KRISIS EKONOMI ASIA)
a. Peristiwa di Indonesia
1990: Pemulihan Hubungan Diplomatik dengan China
1992: Pembentukan Consultative Group on Indonesia (CGI)
1994: Tuan Rumah Konferensi Tingkat Tinggi APEC Ke-2
1997: Pelarihan ke Sistem Harga Pasar Fluktatif
1998: Presiden Soeharto mengundurkan diri
b. Hubungan Jepang dan Indonesia
1998: New Miyazawa Initiative
1998: Dimulainya penugasan Tenaga Ahli Silver (SV) di Indonesia
c. Capaian Kerjasama yang Representatif
1991~: Pinjaman Sektor Angkatan Laut di Indonesia bagian Timur
1993~: Memastikan Layanan Kesehatan Ibu dan Anak melalui proyek Buku Kesehatan Ibu & Anak
1994~: Proyek Rel Ganda Kereta Lintas Utara Cikampek-Cirebon
1995~: Pembangunan & Konstruksi Pusat Studi Jepang Universitas Indonesia
1997~: Proyek Penguatan Masyarakat Desa Untuk Mendukung Program Pemberantasan Kemiskinan di Sulawesi
d. Peristiwa Internasional
1991: Runtuhnya Uni Soviet
1997: Krisis moneter Asia
5. SEJAK AKHIR TAHUN 1990-AN (PERIODE DEMOKRATISASI DAN DESENTRALISASI)
a. Peristiwa di Indonesia
1999-2002: Amandemen UUD 1945 (4 kali)
2000: Pemisahan Polisi Republik Indonesia dari Tentara Nasional Indonesia
2003: Berakhirnya Program Bantuan IMF
2004: Terpilihnya Presiden Yudhoyono melalui pemilihan presiden secara langsung
2004: Bencana Tsunami Aceh
2006: Bencana Gempa Bumi di Jawa Tengah
2007: Pembubaran CGI
b. Hubungan Jepang dan Indonesia
2003: Penyelanggaraan Konferensi Tingkat Tinggi Khusus Jepang-ASEAN sebagai co-chair
2004: Pembentukan Forum Investasi Gabungan Pemerintah dan Swasta Tingkat Tinggi Jepang-Indonesia
c. Capaian Representatif
1999-2004: Bantuan Pemilu
2001~: Bentuan Kebijakan Ekonomi
2001~: Program Bantuan Reformasi Kepolisian Nasional
2003~: Penguatan Jejaring Pendidikan Tinggi melalui ASEAN University Network/Proyek Pengembangan Pendidikan Keteknikan Asia Tenggara
2004~: Bantuan Pemulihan dan Rekonstruksi Aceh
2005~: Pinjaman Kebijakan Pembangunan
2005: Proyek Fakultas Kesehatan & Kedokteran Universitas Islam Negeri Jakarta
2007~: Program Pembangunan Daerah Indonesia bagian Timur Laut
2007~: Proyek Pembangunan Fakultas Teknik Universitas Hasanuddin
d. Peristiwa Internasional
2000: Tujuan Pembangunan Milenium (MDGs)
2001: Insiden serangan teroris di Amerika (Insiden Terorisme 9/11)
2005: Mulai berlakunya protokol Kyoto
6. SEJAK AKHIR 2000-AN (PERIODE MENUJU NEGARA BERPENGHASILAN MENENGAH)
a. Peristiwa di Indonesia
2008: Masuk menjadi anggota G20
2009: Jakarta Commitment
2018: Penyelanggaraan Asian Games ke-18
b. Hubungan Jepang dan Indonesia
2008: Mulai berlakunya Perjanjian Kemitraan Ekonomi Indonesia-Jepang
c. Capaian Representatif
2008~: Pinjaman Program Penanggulangan Perubahan Iklim
2012: Studi Master Plan Metropolitan Priority Area (MPA) Jakarta untuk Investasi dan Industri
2013: Memulai Pembangunan Kereta Api Cepat (MRT) di Kota Jakarta
2014~: Proyek Penguatan Sistem Jaminan Nasional
2014~: Proyek Peningkatan Kapasitas Keamanan Informasi
2017~: Pembangunan Proyek Pelabuhaan Baru di Kawasan Timur Jakarta
d. Peristiwa Internasional
2008: Krisis Keuangan 2008
2011: Gempa Bumi Besar di Jepang Bagian Timur
2015: Tujuan Pembangunan Berkelanjutan (SDGs)
2015: Pembentukan Bank Infrastruktur Asia (AIIB/Asian Infrastructure Invesment Bank)
2015: Pembentukan Masyarakat Ekonomi ASEAN